卓尼杨土司始祖些地于明永乐二年（1404年）率部落内附，被朝廷封为卓尼土司，开启了杨氏家族在洮河流域长达五百余年的统治。土司辖地最盛时东至岷县，南抵川北，西达夏河，北接临潭，面积逾万平方公里，是甘青川交界地区最具影响力的政治实体之一。
杨土司家族奉行"以儒治国、以佛治心"的执政理念，既积极学习中原文化，又致力于保护藏传佛教传统。历代土司多通晓藏汉双语，重视教育兴学。清康熙年间，第十代土司杨汝松主持刊刻了著名的卓尼版大藏经《甘珠尔》，这部藏文大藏经以其校勘精审、刻工精美而享誉藏学界，被联合国教科文组织列入世界记忆遗产名录。
第十九代土司杨积庆（又称"红色土司"）是卓尼近代史上最重要的人物之一。1935年9月，中国工农红军长征途经卓尼，杨积庆暗令部下开仓放粮，为红军提供了数十万斤粮食和大量食盐，并在达拉沟为红军让路，为红军顺利突破天险腊子口做出了重大贡献。后杨积庆因同情红军而被国民党军阀鲁大昌派人杀害。新中国成立后，杨积庆被追认为革命烈士，其事迹被拍摄成电影《卓尼土司》广为传颂。
第二十代土司杨复兴于1949年率部起义，和平解放卓尼，后历任甘南藏族自治州州长、甘肃省人大常委会副主任等职。卓尼土司制度至此完成历史使命，但其深厚的文化积淀已成为卓尼最宝贵的历史遗产。如今，卓尼土司衙门遗址、土司家族墓地、禅定寺等历史遗存，吸引着众多历史爱好者前来探访。
杨土司家族之所以能绵延五百年而不衰，关键在于其独特的"双语双文化"治理模式。历代土司既向朝廷进贡效忠、学习儒家经典，又在藏区以佛教护法者的身份维系部族凝聚。这种灵活而务实的执政智慧，使卓尼成为汉藏走廊上少有的长治久安之地。杨土司家族还热衷于公益：修桥铺路、兴办学堂、刊刻经典，许多惠民举措至今仍被当地百姓传颂。
卓尼土司衙门曾是甘南最宏伟的建筑群之一，依山而建、殿阁层叠，融合了藏式碉楼的雄浑与汉式殿堂的精美。虽历经战火与岁月侵蚀，衙门遗址至今仍可见高大的夯土墙基和精美的砖雕残件。当地文物部门正着手制定土司衙门遗址保护规划，希望有朝一日能再现这座"洮河第一署"的历史风貌。2015年，卓尼土司文化被列入中国世界文化遗产预备名录，卓尼土司的历史价值正在获得越来越广泛的认可。