卓尼县位于甘肃省甘南藏族自治州东南部，地处青藏高原东北缘与西秦岭交汇地带，洮河自西向东纵贯全境。全县总面积 6021 平方公里，平均海拔 2500 米以上，森林覆盖率超过 60%，是甘肃省森林资源最丰富的县份之一。卓尼境内从低海拔河谷到高寒草甸，垂直分布着落叶阔叶林、针阔混交林、暗针叶林、高山灌丛草甸等多种生态系统，生物多样性极为丰富。
洮河是黄河上游最大的支流之一，在卓尼县境内流长约 180 公里。洮河流域是黄河流域重要的水源涵养区和生态功能区，对维持黄河中下游的生态安全具有举足轻重的战略意义。卓尼县拥有大峪沟、卡车沟、车巴沟等多条原始自然沟谷，沟内溪流潺潺、林木苍翠，被誉为"甘南的绿色宝库"。大峪沟景区以"九曲十八弯"的自然景观闻名遐迩，是国家级森林公园。
卓尼的野生动植物资源极为丰富。境内已查明的野生植物超过 2000 种，其中药用植物 600 余种，包括冬虫夏草、雪莲、红景天、黄芪、当归等名贵中藏药材。野生动物有雪豹、白唇鹿、马麝、蓝马鸡、黑颈鹤等国家一、二级保护动物数十种。卓尼县是甘肃省生物多样性保护的重点区域，已建立多处自然保护区和生态功能保护区。
近年来，卓尼县深入践行"绿水青山就是金山银山"的发展理念，大力实施退耕还林、草原生态修复、水源地保护等生态工程，生态环境质量持续改善。依托优越的生态环境，卓尼县大力发展生态旅游、有机农业和林下经济，走出了一条生态保护与经济发展互促共进的绿色发展之路。"秘境卓尼"的生态品牌日益响亮，吸引着越来越多的游客前来领略这片高原秘境的自然之美。
大峪沟是卓尼生态旅游的皇冠明珠。这条全长80余公里的原始沟谷，汇聚了雪山、冰川、森林、草甸、溪流、湖泊等几乎所有高原自然景观类型。沟内百余座山峰终年积雪，数十条瀑布从崖顶飞流直下，高山海子（湖泊）如碧玉镶嵌于林海之中。行走其间，松涛阵阵、溪水潺潺，空气中弥漫着松脂和野花的清香，偶有蓝马鸡从灌木丛中掠过、马鹿在林间空地驻足凝望——仿佛置身于一座天然的生态博物馆。
卓尼的四季各有其美。春天，洮河两岸的杏花、梨花竞相绽放，河谷里一片花海；夏天，高山草甸上野花烂漫，牦牛和藏羊如黑白珍珠散落绿毯之上；秋天，层林尽染，金黄的白桦与墨绿的云杉交织出令人屏息的油画色彩；冬天，银装素裹、万籁俱寂，只有洮河水在冰层下低吟浅唱。四季轮转间，卓尼以其最本真的自然之美，诠释着"秘境"二字的深刻内涵。这片绿水青山，既是卓尼人民的家园，也是留给子孙后代最珍贵的自然遗产。